I chiostri francescani rappresentano una porzione di un complesso più grande adiacente alla basilica di San Francesco, edificio di culto originariamente dedicato agli Apostoli e intitolato a San Pier Maggiore nell’alto medioevo.
La chiesa, risalente alla metà del V secolo, è stata fondata dal vescovo Neone.
Tra il X e l’XI secolo la chiesa subì alcune trasformazioni, assumendo un aspetto simile a quello che conosciamo oggi.
Nel 1261 il complesso fu concesso ai Frati Minori, che lo tennero fino al 1861, diventando nel XIV secolo luogo di culto privilegiato dai Da Polenta.
Non ci sono notizie certe sulla data di edificazione dei chiostri come oggi li conosciamo. Corrado Ricci riteneva che il chiostro “della Cisterna” o chiostro “di Dante” risalisse al XVI secolo, mentre il cosiddetto chiostro “del Doppio portico” o chiostro “della Cassa” al XV secolo.
Il chiostro della cisterna è formato nella parte inferiore da archi sostenuti da 28 colonne, nella parte superiore è aperto nel lato appoggiato alla navata della chiesa.
Sul lato ovest si trova una lapide che ricorda il punto in cui nel 1519 i frati praticarono un foro per raggiungere il sarcofago dove si trovavano le ossa di Dante per prelevarle e impedire ai fiorentini di appropriarsene. Il pozzo monumentale al centro del chiostro è stato realizzato con materiali risalenti a diverse epoche e provenienti da diversi luoghi. Ai lati della balaustra di protezione ci sono due piccoli pilastri sormontati da colonne e capitelli, decorati di foglie dentellate, che reggono un architrave. Nel 2010, in occasione dell’ultimo restauro, sono state collocate nel prato due statue in ferro battuto dello scultore Augusto Bartolotti raffiguranti San Francesco e Santa Chiara.
Il chiostro del doppio portico è retto da trentasette colonne, sedici delle quali collocate in doppia fila lungo il muro perimetrale. Al centro del prato vi è un antico pozzo.
