Al pianterreno si trova il chiostro d'ingresso con la sua facciata barocca opera di Giuseppe Antonio Soratini; il vestibolo cinquecentesco che introduce nel grande refettorio, adorno di vetrate, arredi lignei e dipinti, tra i quali la raffigurazione delle Nozze di Cana, opera di Luca Longhi, oggi divenuto sede delle Letture dantesche; la chiesa di san Romualdo; la Sala Muratori, antica sacrestia ora adibita a spazio conferenze, decorata da Cesare Pronti e adorna di dipinti, tra i quali spicca la Resurrezione di Lazzaro, opera di Francesco Zaganelli; la Manica Lunga; il chiostro grande, edificato tra il 1611 e il 1620 su progetto di Giulio Morelli, con l'elegante cisterna disegnata nei primi del Settecento da Domenico Barbiani.
Al piano ammezzato si trovano gli ampi spazi seicenteschi del dormitorio dei monaci novizi, oggi adibiti a sale di consultazione.
Al primo piano lungo il corridoio grande, costruito nel Seicento, è possibile ammirare gli affreschi di Giovanni Battista Barbiani che raffigurano regole e santi benedettini e camaldolesi.
Al secondo piano si trova la Libreria, realizzata da Pietro Canneti su progetto di Soratini, ricca di statue, stucchi e di scansie lignee intagliate e decorata con affreschi e dipinti.
In sopraelevazione, infine, la Sala delle scienze e delle arti, opera neoclassica di Camillo Morigia, e la lunga serie delle stanze che, a partire dall'Ottocento, ospitano le raccolte bibliografiche delle seconde soppressioni e i fondi privati donati nel tempo alla biblioteca, come quelli di Marino Berengo, Tommaso Bertelè, Lucio Gambi - Ornella Vergnano, Leo Olschki, Luigi Rava, Corrado Ricci, Carlo Ferdinando Russo.
Nel 2008, dopo il restauro degli appartamenti abbaziali, è stata inaugurata la Sala Gambi, che ospita la biblioteca e l’archivio donati dallo studioso alla Classense. La donazione consiste nella raccolta libraria di Lucio Gambi, composta da circa 19.000 volumi, e da un fondo d’archivio che riunisce i corsi universitari, i manoscritti inediti, le ricerche rimaste incompiute, i documenti familiari. Nella raccolta sono presenti le tesi di laurea discusse da Lucio Gambi e una raccolta di materiale cartografico (circa 800 pezzi) e di cartoline illustrate e fotografie (circa 15000 pezzi).
