La chiesa fu costruita tra il 1742 e il 1747 su progetto dell’architetto Giovanfrancesco Buonamici, tra gli artefici della ricostruzione di molti edifici paleocristiani e bizantini nella Ravenna dell’epoca. Sorge sui resti di una precedente basilica, Sant’Eufemia ad arietem, edificata su un luogo di culto del II-III secolo dopo Cristo, considerato uno dei più antichi di Ravenna e dell’Emilia.
L’antica basilica era divisa in tre navate, ognuna con un altare. Uno di questi, chiamato l’altare del battistero o del battesimo, era dedicato a sant’Apollinare perché pare coprisse il pozzo dal quale il vescovo aveva preso l’acqua per battezzare i primi ravennati convertiti al cristianesimo. Nel 1556 il vescovo Giulio Della Rovere ordinò di chiudere a chiave il pozzo per rispettarne la sacralità.
Oggi la chiesa ha un impianto circolare con tre altari. Nella sacrestia, alla quale si accede dal retro dell’altare maggiore, si trova un piccolo pozzo battesimale ricavato da una colonna e posto in una nicchia sormontata dalla scritta “Coepit hic fides ravennatum” (“Qui ebbe inizio la fede dei ravennati”). Sopra la nicchia è possibile ammirare un quadro del 1757 di Andrea Barbiani, raffigurante sant’Apollinare nell’atto di battezzare con la mano destra il tribuno della città di Ravenna circondato da una piccola folla, dalla moglie e dal figlio.
La campana posta nel campanile, una delle più antiche di Ravenna, risale al 1358.
